Việc ERP áp dụng ở Việt Nam chưa hiệu quả bắt nguồn từ nhiều nguyên nhân: nhận thức của người sử dụng về sản phẩm, khả năng cung ứng sản phẩm ở thị trường Việt Nam, trình độ tư vấn triển khai áp dụng sản phẩm và giá thành sản phẩm. Các yếu tố này ảnh hưởng lẫn nhau dẫn đến việc doanh nghiệp Việt Nam chậm triển khai hoặc triển khai chưa hiệu quả giải pháp công nghệ ERP.
Hiện nay, nhiều nhà lãnh đạo vẫn chưa có điều kiện tiếp xúc với các giải pháp mới này do công tác giới thiệu, tuyên truyền sự cần thiết của việc ứng dụng ERP trong doanh nghiệp chưa sâu rộng. Một số doanh nghiệp đi đầu trong việc triển khai ERP chưa đạt hiệu quả mong muốn tạo ra tâm lý hoài nghi ở những doanh nghiệp khác. ERP lại là một hệ thống phức tạp, có nhiều khái niệm trừu tượng, không dễ nắm bắt và quyết định triển khai được nhanh.
Hầu hết các dự án ERP không thành công là do khâu tư vấn chưa tốt. Ở Việt Nam, chúng ta chưa có những chuyên gia tư vấn giỏi, có kinh nghiệm. Trong khi đó, 80% khối lượng công việc trong quá trình triển khai ERP là tư vấn, chỉ có 20% khối lượng là lập trình. Vì thế, khi triển khai những ERP phức tạp, chỉ có một số DN lớn thuê tư vấn quốc tế, vừa đảm bảo cho dự án chắc chắn thành công, vừa tạo ra cơ hội học hỏi tích lũy kinh nghiệm cho Việt Nam. Đáng tiếc là đa số còn lại vẫn chưa coi tư vấn là then chốt, không chấp nhận thuê tư vấn với chi phí cao.
Vào thời điểm hiện tại, chưa có công ty phần mềm Việt Nam thỏa mãn tiêu chuẩn ERP. Đây không đơn thuần là giải pháp về công nghệ mà còn là nơi tích lũy kiến thức và kinh nghiệm quản lý, kinh nghiệm tác nghiệp. Chuyên gia thiết kế ERP đạt tiêu chuẩn quốc tế, cần có năng lực quản lý xuất sắc trong nhiều ngành công nghiệp khác nhau và có nhiều năm tích lũy kinh nghiệm triển khai để hoàn thiện. Tác giả của các ERP nội địa phần lớn đều là những kỹ sư tin học, trong khi thực chất ERP là quy trình, là quản trị, vì thế họ không lường hết các tình huống quản lý có thể xảy ra.
Giá cả của các hệ thống ERP cao hơn nhiều so với việc trang bị nhiều phần mềm đơn lẻ cộng lại do tính tích hợp trên phần mềm. Thêm nữa, một phần mềm ERP tốt cũng chỉ quyết định chưa đến 50% sự thành công của dự án triển khai ERP cho doanh nghiệp. Yếu tố chủ quan của từng doanh nghiệp (như nhận thức và quyết tâm của ban lãnh đạo doanh nghiệp, hệ thống quản lý, trình độ đội ngũ nhân viên...) quyết định tới trên 50% sự thành bại của dự án. ERP là hệ thống phần mềm có phạm vi quản lý rộng trên toàn DN, do đó thời gian triển khai dự án có thể kéo rất dài (thường là từ 6 tháng đến vài năm). Tất cả những yếu tố trên đây đẩy chi phí lên rất cao khi hoàn thành việc triển khai dự án cho doanh nghiệp.